Uzun süredir böbrek yetmezliği ve kalp yetmezligi rahatsızlığı ile tedavi gören İpekçi'ye Level Hospital'da COVID-19 testi yapılmıştı. İpekçi'nin hayatını kaybettikten sonra gelen test sonuçları pozitif çıktı. Mustafa Ipekçi'nin oğulları Çağatay ve Harun İpekçi, sosyal medyada;"Acımız büyük Dünyayı saran Covid-19 hastalığı nedeniyle ailemizin reisi MUSTAFA İPEKÇİ hakka yürümüştür.Böylesi bir dönemde olmamız sebebi ile tüm dostlarımıza çok tebbirli olmaları ve evlerinde kalmalarını tavsiye eder. Cenazemiz ontemmuz aile mezarlığımıza saat: 15:00 da kılınacak gıyabi cenaze namazıyla defnedilecektir. Sevenlerimizden istediğimiz evlerinden çıkmamaları ve tebbirli olmalarıdır. İPEKÇİ ailesi dualarınızı eksik etmeyin" paylaşımı yaptılar.İpekçi Ailesi tedbir amaçlı 14 gün karantinaya alındı.